Fisiologo ed anatomo-patologo, nasce a Hehlen, nel Braumschweig, il 6 ottobre 1836. Laureatosi a Berlino nel 1861, ottiene la nomina ad aggregato di anatomia e fisiologia presso l’Università di Breslau che, nel 1867, gli conferisce la nomina a professore ordinario di anatomia patologica. Chiamato a Strasburgo nel 1872 come professore di anatomia normale, vi rimane fino al 1883 anno in cui gli viene conferita la sressa cattedra a Berlino. Studioso ed appassionato ricercatore, il nome di Waldeyer è legato soprattutto alle scoperte sull’anello linfo-ghiandolare delle fauci ed all’epitelio che da lui si denomina.