Nasce a Bologna l’11 giugno 1844 in una famiglia della buona borghesia, ritrovo di artisti ed intellettuali. Dal padre Lorenzo, pittore incisore e e scenografo, eredita la passione per l’arte che lo spinge a frequentare per qualche tempo la scuola di disegno delle Belle arti. Terminato il liceo si iscrive alla facoltà di medicina laureandosi nel 1868 con una tesi sulla cicatrizzazione delle ferite. Deciso a specializzarsi in chirurgia, il Ruggi segue le lezioni del Landi e dopo un breve periodo trascorso come assistente chirurgo all’Ospedale del Ricovero di Bologna, ne diviene sostituto primario e poi primario. Carica che mantiene fino al 1877 allorchè viene nominato primario di chirurgia all’Ospedale maggiore. Nel 1894, chirurgo ormai famoso per il coraggio e l’abilità dimostrate nell’impiego di nuove tecniche chirurgiche (quali la laparatomia eseguita per la prima volta a Bologna con successo), ottiene la cattedra di clinica chirurgica a Modena dove rimane fino al 1905 anno in cui ottiene la stessa cattedra all’Università di Bologna.